Muchas poblaciones cautivas en peligro de extinción presentan una diversidad genética reducida, lo que provoca problemas de salud que repercuten en la aptitud reproductiva y la calidad de vida. Numerosas tecnologías rentables de secuenciación genómica y genotipado brindan una oportunidad sin precedentes para incorporar los conocimientos genómicos a la gestión de especies amenazadas. Los datos genómicos, como los de secuencias, transcriptomas y genotipos, proporcionan información esencial sobre una población cautiva que, si se aprovecha correctamente, puede utilizarse para maximizar la variación genética de la población y reducir al mismo tiempo la introducción o propagación no intencionada de fenotipos indeseables. Los enfoques actuales de gestión de poblaciones cautivas en peligro utilizan planes de supervivencia de especies (SSP) basados en estimaciones de parentesco medio para maximizar la diversidad genética y evitar al mismo tiempo la selección artificial en el programa de cría. Sin embargo, a medida que aumentan los recursos genómicos de cada especie amenazada, también aumentan los conocimientos potenciales disponibles para su gestión. A diferencia de los organismos modelo, en los que se emplean considerables recursos científicos para validar experimentalmente las relaciones genotipo-fenotipo, las especies amenazadas suelen carecer de los tamaños de muestra y los recursos económicos necesarios para tales estudios. Aun así, a falta de descubrimientos genéticos verificados experimentalmente, los datos genómicos siguen aportando valor. De hecho, los enfoques bioinformáticos y de genómica comparativa ofrecen mecanismos para traducir estos conjuntos de datos genómicos brutos en conocimientos integrados que permitan un enfoque informado de la gestión de las especies amenazadas.
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