Los agentes fúngicos de control biológico contra los patógenos de las plantas, especialmente los del suelo, operan dentro de sistemas física, biológica y espacialmente complejos por medio de una variedad de interacciones tróficas y no tróficas interespecíficas. Sin embargo, los propios agentes de control biológico también están sujetos a los mismos tipos de interacciones, que pueden reducir o, en algunos casos, aumentar su eficacia contra los patógenos de las plantas objetivo. La caracterización de estos sistemas ecológicamente complejos es un reto, pero hay una serie de herramientas disponibles para ayudar a desentrañar esta complejidad. Aquí se describen varias de estas herramientas, entre ellas el uso de la biología molecular para generar agentes de biocontrol con genes marcadores útiles y luego cuantificar estos agentes en sistemas naturales, la epifluorescencia y la microscopía de escaneo láser confocal para observar su presencia y actividad in situ, y la estadística espacial y el modelado de simulación por ordenador para evaluar y predecir estas actividades en hábitats de suelo heterogéneos.
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