Los genes del factor de transcripción WRKY desempeñan funciones críticas en el crecimiento y el desarrollo de las plantas, así como en las respuestas al estrés. Los genes WRKY se han examinado en varias plantas superiores, pero no se han caracterizado en Lotus japonicus. La reciente publicación de la secuencia completa del genoma de L. japonicus ofrece la oportunidad de realizar un análisis de todo el genoma de los genes WRKY en esta especie. En este estudio, identificamos 61 genes WRKY en el genoma de L. japonicus. Basándonos en la estructura de la proteína WRKY, los genes WRKY de L. japonicus (LjWRKY) pueden clasificarse en tres grupos (I-III). Las investigaciones sobre el número de copias de genes y los grupos de genes indican que sólo se produjo un evento de duplicación de genes en el cromosoma 4 y no se detectaron genes agrupados en los cromosomas 3 o 6. Los investigadores creían previamente que los dominios WRKY de los grupos II y III derivaban del dominio WRKY C-terminal del grupo I. Nuestros resultados sugieren que algunos genes WRKY del grupo II se originaron a partir del dominio N-terminal de los genes WRKY del grupo I. El análisis de los motivos de las proteínas WRKY de Medicago truncatula (MtWRKY) aportó pruebas adicionales en apoyo de esta hipótesis. Encontramos que los genes LjWRKY y MtWRKY del grupo III están bajo selección purificadora, lo que sugiere que los genes WRKY se volverán cada vez más estructurados y funcionalmente conservados.
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