El impacto de los biocombustibles sobre la biodiversidad dependerá de la fuente de biomasa y del uso previo de la tierra. Estos bioenergéticos pueden ser benéficos con la biodiversidad si se producen a partir de cultivos apropiados en áreas adecuadas. Sin embargo, han mostrado un impacto negativo cuando ocurre la conversión directa de ecosistemas naturales o la conversión indirecta de la tierra de áreas no degradadas. La expansión de la producción de biocombustibles en los trópicos ha generado la pérdida de bosques tropicales y pantanos. Las plantaciones de fuentes de biomasa para biocombustibles (particularmente palma de aceite y maíz) han revelado soportar bajos niveles de biodiversidad que los ecosistemas naturales, y pueden causar erosión del suelo y contaminación de los cursos de agua.
El aumento de la demanda de los biocombustibles en el futuro conllevará a un incremento en la necesidad de tierras para ello. Es probable que la conversión de áreas naturales vaya en detrimento de la biodiversidad; además, el manejo de la post-conversión también será perjudicial por la contaminación con fertilizantes, entre otros. Algunos sostienen que la “próxima generación” de biocombustibles requerirá menos tierra y la productividad será mayor; no obstante, existe mucha incertidumbre alrededor de ello. La introducción de estándares de sostenibilidad es una opción para reducir los impactos de biodiversidad de la producción de biocombustibles, aunque ello ha probado ser difícil especialmente por la carencia de definiciones aceptadas de términos claves tales como “alta biodiversidad” y tierras “degradadas”.
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