Existe un grupo importante de hongos y bacterias que presentan efectos antagónicos con otros microorganismos, y esta acción puede ser aprovechada como una forma de control biológico de patógenos vegetales. Entre los microorganismos más importantes se encuentran las bacterias de los géneros Fusarium, Pseudomonas y Bacillus, y hongos de los géneros Gliocladium y Trichoderma. Este último es el más utilizado para el control de un grupo importante de patógenos del suelo. El efecto principal de Trichoderma es por hiperparasitismo, aunque algunas especies y cepas pueden producir metabolitos bioactivos que incrementan su acción. Además, algunos aislamientos controlan nematodos.
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