Resumen

La plataforma BLADE (lógica y aritmética booleana a través de la escisión de ADN) fue desarrollada para implementar el control lógico e inducible sobre la expresión génica de células de mamíferos.  Esta plataforma tiene el potencial para revolucionar la ingeniería celular para aplicaciones terapéuticas. El presente trabajo propone el primer modelo mecanístico de la plataforma BLADE de 2 entradas basado en la escisión de ADN mediada por Cre y Flp. El modelo completo se simplificó para producir conjuntos computacionalmente factibles de simulaciones estocásticas, utilizando el algoritmo de Gillespie. El modelo estocástico se optimizó contra datos métricos angulares adaptados relacionados con dos de los circuitos BLADE probados experimentalmente. De manera general se obtuvo que el modelo calibrado pudo predecir con precisión el rendimiento métrico angular adaptado de los 111 circuitos probados experimentalmente.

• Materias:Métodos de simulación Ingeniería genética Ingeniería biomédica Biotecnología Bioquímica Técnicas de simulación
• Subjects:Simulation methods Genetic engineering Biomedical engineering Biotechnology Biochemistry Simulation techniques
• Palabras claves:Reacciones de recombinación; Recombinación de ADN; Circuitos lógicos; Monómeros; Transfección; Tirosina; Redes genéticas sintéticas; Simulaciones bioquímicas
• Keywords:Recombination reactions; DNA recombination; Logic circuits; Monomers; Transfection; Tyrosine; Synthetic genetic networks; Biochemical simulations