La información sobre el potencial de biodegradación de las comunidades microbianas lacustres y fluviales es esencial para la gestión de las cuencas hidrográficas. El agua que drena en los ecosistemas lacustres suele arrastrar una cantidad significativa de sedimentos en suspensión, que son transportados por ríos y arroyos desde la cuenca de drenaje local. El procesamiento del carbono orgánico en los sedimentos es ejecutado por comunidades microbianas heterótrofas, cuyas actividades pueden variar espacial y temporalmente. Por lo tanto, para capturar y aprehender algunas de estas variabilidades en los sedimentos, tomamos muestras de seis sitios: tres del río Saint Clair (SC1, SC2 y SC3) y tres del lago Saint Clair en primavera, verano, otoño e invierno de 2016. Aquí, investigamos los cambios en los perfiles metabólicos de las comunidades microbianas de sedimentos, a lo largo del río Saint Clair y el lago Saint Clair utilizando Biolog EcoPlates, que prueba la oxidación de 31 fuentes de carbono. El número de sustratos utilizados fue generalmente mayor en los sedimentos del río (aguas arriba) que en los del lago (aguas abajo), lo que sugiere un cambio en las actividades metabólicas entre los conjuntos microbianos. También se encontraron diferencias estacionales y específicas de cada lugar en el número de sustratos utilizados, que fue similar en verano y otoño, y en primavera e invierno. Las comunidades microbianas de los sedimentos en verano y otoño mostraron patrones de utilización de sustratos más versátiles que las comunidades de primavera e invierno. Los análisis de huellas funcionales distinguen claramente las comunidades microbianas de los sedimentos de los sitios lacustres (sitios río abajo más contaminados), que mostraron una capacidad potencial para utilizar sustratos de carbono más complejos, como los polímeros. Este estudio establece una estrecha relación entre las propiedades físicas y químicas (temperatura y contenido en materia orgánica) de los sedimentos lacustres y fluviales y las actividades funcionales microbianas asociadas.
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