Resumen

El objetivo de este estudio era evaluar la importancia de determinadas bacterias cultivadas y no cultivadas en el rumen mediante la cuantificación de sus poblaciones y el efecto de las dietas y las fracciones ruminales. Se recuperaron secuencias completas del gen 16S rRNA (rrs) a partir de muestras de rumen utilizando cebadores específicos diseñados a partir de secuencias parciales recuperadas previamente. Se cuantificaron cinco unidades taxonómicas operativas (OTU) bacterianas no cultivadas mediante PCR cuantitativa específica (qPCR) en muestras ruminales fraccionadas de ovejas alimentadas sólo con heno o con heno más maíz. Las especies Fibrobacter succinogenes, Ruminococcus albus, R. flavefaciens, Ruminobacter amylophilus, Selenomonas ruminantium y Mitsuokella multacida y los géneros Butyrivibrio y Prevotella también se cuantificaron como comparación. La secuencia completa de rrs mejoró las asignaciones taxonómicas de las secuencias parciales de rrs. El género Prevotella fue el más abundante. De las tres principales especies celulolíticas cultivadas, R. flavefaciens fue la más abundante, seguida de R. albus y F. succinogenes. Las cinco OTU bacterianas no cultivadas, clasificadas en el género Acetivibrio, el género Allobaculum, la familia Ruminococcaceae, el orden Clostridiales o la clase Clostridia, tuvieron una abundancia comparable a la de las especies de géneros anteriores, excepto Prevotella. La suplementación con maíz y las fracciones afectaron a la distribución de las bacterias del rumen, pero de forma limitada. Cuando se compararon con los datos de qPCR, las frecuencias de secuencia en las bibliotecas de clones de rrs tendieron a sobreestimar la abundancia de las bacterias representadas. Este estudio demostró que la abundancia y la dinámica de la población de bacterias no cultivadas pueden cuantificarse mediante qPCR específica, lo que complementa los resultados de las bibliotecas de clones de rrs. Este estudio también reveló que algunas bacterias no cultivadas podrían ser tan importantes como algunas de las bacterias bien caracterizadas del rumen. El enfoque utilizado debería ser aplicable para evaluar la abundancia y la importancia potencial de las bacterias no cultivadas en otros entornos.

• Materias:Bioquímica Microbiología Contaminación del agua Bacteriología Genética microbiana
• Subjects:Biochemistry Microbiology Water pollution Bacteriology Microbial genetics
• Palabras claves:bacterias no cultivadas, bibliotecas de clones rrs, abundancia, estudio, R. flavefaciens, longitud del gen 16S rRNA, principales especies celulolíticas cultivadas, unidades taxonómicas operativas bacterianas no cultivadas, especie Fibrobacter succinogenes, muestras ruminales fraccionadas.
• Keywords:uncultured bacteria, rrs clone libraries, abundance, study, R. flavefaciens, length 16S rRNA gene, major cultured cellulolytic species, uncultured bacterial operational taxonomic units, Species Fibrobacter succinogenes, fractionated ruminal samples