Los alcaloides bioactivos ocupan una posición importante en la química aplicada y desempeñan un papel indispensable en la química medicinal. Entre ellos, los alcaloides isoquinolínicos como la berberina, la palmatina y la coralina del grupo de las protoberberinas, la sanguinarina del grupo de las benzofenantridinas y sus derivados representan una clase importante de moléculas por su amplia gama de utilidad clínica y farmacológica. En vista de su amplia presencia en diversas especies vegetales y de su toxicidad significativamente baja, el desarrollo prospectivo y el uso de estos alcaloides como agentes anticancerígenos eficaces son temas de gran interés actual. Esta revisión se ha centrado en la interacción de estos alcaloides con estructuras polimórficas de ácidos nucleicos (forma B, forma A, forma Z, forma HL, forma triple helicoidal, forma cuádruplex) y su actividad inhibidora de la topoisomerasa reportada por varios grupos de investigación utilizando diversas técnicas biofísicas como espectrofotometría, espectrofluorimetría, fusión térmica, dicroísmo circular, espectroscopia de RMN, espectroscopia de masas por ionización de electrospray, viscosidad, calorimetría de titulación isotérmica, calorimetría diferencial de barrido, estudios de modelado molecular, etc., para dilucidar su modo y mecanismo de acción en las relaciones estructura-actividad. Se ha descubierto que la unión al ADN de la sanguinarina y la coralina planares es más fuerte y termodinámicamente más favorecida en comparación con la estructura abombada de la berberina y la palmatina, y se correlaciona bien con el mecanismo intercalativo de la sanguinarina y la coralina y con la intercalación parcial de la berberina y la palmatina. Las propiedades de unión al ácido nucleico también se interpretan en relación con su actividad anticancerígena.
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