La inocuidad alimentaria se refiere a las condiciones y prácticas que preservan la calidad de los alimentos para prevenir la contaminación y enfermedades transmitidas por el consumo de alimentos producidos sin ningún tipo de control.

El conjunto de procedimientos conocido como buenas prácticas agrícolas (BPA) se orienta precisamente a garantizar la inocuidad y la calidad de los productos agrícolas —sean cultivos, alimentos básicos o de origen animal—, impidiendo que estos se vean afectados por factores ambientales o durante la aplicación de métodos agrícolas modernos. Se aplican para la utilización de fertilizantes, plaguicidas y medicamentos veterinarios, la posible contaminación del suelo o el agua, entre otros.

Actualmente, la estructura de los mercados de café a nivel mundial ha cambiado. Los consumidores de varios países están modificando sus patrones de consumo, pidiendo algo más que cafés frescos y naturales; también exigen inocuidad, higiene, orden y registros de las actividades realizadas durante su producción y manejo dentro de la unidad productiva, además de protección del medio ambiente y responsabilidad social con los empleados de la empresa cafetera y la comunidad aledaña.

Algunos paises importadores incluso realizan analisis de residualidad de plaguicidas y de contenido de ocratoxina A (OTA), una micotoxina producida por un hongo que se desarrolla en los granos de café cuando no se siguen los principios de las BPA en labores de explotación como el secado, el almacenamiento y el transporte.

Es importante destacar el crecimiento durante la última decada de la comercializacion de cafés especiales o diferenciados por su perfil de taza o por ser producidos cumpliendo normas ambientales y sociales (sellos de certificación).