Se analizan los patrones de composición temporal, abundancia y diversidad de la comunidad fitoplanctónica del río Paraná antes y después de la fase inicial de llenado del embalse Yacyretá. El sitio de estudio se ubica a 220 km aguas abajo del embalse Yacyretá y a 30 km aguas abajo de la confluencia con el río Paraguay. Dado que ambos ríos permanecen separados y sin mezcla en el sitio de estudio, se compararon los posibles efectos del embalse en ambas márgenes (margen izquierda y derecha) en períodos hidrológicos con similar duración y magnitud de las fases de baja y alta. Las condiciones físicas y químicas medidas en la margen derecha (agua del río Paraguay) fueron similares en ambos períodos (antes y después del embalse), mientras que la conductividad, el pH y la concentración de ortofosfatos aumentaron en la margen izquierda (agua del Alto Paraná y del embalse Yacyretá) después del embalse. Se observaron cambios en la densidad y diversidad del fitoplancton solo en muestras recolectadas del agua que fluía del embalse (margen izquierda). La densidad de clorofíceas (Chloromonas acidophila, Chlamydomonas leptobasis, Choricystis minor, Chlorella vulgaris, Scenedesmus ecornis, Monoraphidium minutum, M. contortum y M. pusillum) y criptofíceas (Rhodomonas minuta, Cryptomonas marssonii y C. ovata) aumentó, mientras que la de cianofíceas (Cylindrospermopsis raciborskii, Raphidiopsis mediterranea y Planktolyngbya subtilis) y bacillariofíceas (Aulacoseira granulata y sus bioformas) disminuyó en comparación con estudios previos realizados en la margen izquierda del río Paraná. El fitoplancton recolectado en la margen derecha del río no presentó diferencias en las muestras previas y posteriores al embalse, ya que proviene del río Paraguay, que se mantiene relativamente inafectado por las actividades humanas.