La aplicación de fertilizantes puede aumentar los rendimientos, pero el escurrimiento de nutrientes puede causar contaminación ambiental y afectar la calidad del suelo. Un nanocompuesto estructurado en red utilizado como acondicionador del suelo es beneficioso para los cultivos y el suelo. Sin embargo, la relación entre el acondicionador del suelo y los microbios del suelo no está clara. Evaluamos el impacto del acondicionador del suelo en la pérdida de nutrientes, el crecimiento del pimiento, la mejora del suelo y, especialmente, la estructura de la comunidad microbiana. Se aplicó secuenciación de alto rendimiento para estudiar las comunidades microbianas. Las estructuras de las comunidades microbianas del tratamiento con acondicionador del suelo y el CK fueron significativamente diferentes, incluyendo en diversidad y riqueza. Los filos bacterianos predominantes fueron Pseudomonadota, Actinomycetota y Bacteroidota. Acidobacteriota y Chloroflexi se encontraron en números significativamente más altos en el tratamiento con acondicionador del suelo. Ascomycota fue el filo fúngico dominante. El filo Mortierellomycota se encontró en números significativamente más bajos en el CK. Las bacterias y los hongos a nivel de género estaban correlacionados positivamente con el K disponible, el N disponible y el pH, pero estaban correlacionados negativamente con el P disponible. Nuestros resultados mostraron que la pérdida de nutrientes controlada por el acondicionador del suelo aumentó el N disponible, lo que mejoró las propiedades del suelo. Por lo tanto, los microorganismos en el suelo mejorado cambiaron. Este estudio proporciona una correlación entre las mejoras en los microorganismos y el acondicionador del suelo estructurado en red, que puede promover el crecimiento de las plantas y la mejora del suelo.