Los alcaloides indólicos monoterpénicos (MIAs) exhiben estructuras y efectos farmacológicos diversos. La anotación de los MIAs en medicamentos herbales sigue siendo un desafío al utilizar cromatografía líquida combinada con espectrometría de masas de alta resolución (LC-HRMS). Este estudio introdujo una nueva estrategia de anotación que emplea LC-HRMS para identificar de manera eficiente los MIAs en medicamentos herbales. En resumen, los espectros de MS bajo múltiples energías de colisión (MCEs/MS) ayudaron a capturar iones de producto de alta calidad a través de un rango de valores de masa a carga (/), revelando características clave de MS como iones de producto diagnósticos (DPIs), escisiones características (CCs) y pérdidas neutras/radicales (NLs/RLs). A continuación, se creó una red molecular basada en características (FBMN) para mapear las relaciones estructurales entre los MIAs a través de grandes conjuntos de datos de MS. Los MIAs potenciales fueron luego clasificados y anotados mediante una comparación sistemática con rutas biosintéticas conocidas (BPs), esqueletos derivados y sus sustituyentes característicos. El flujo de trabajo MCEs/MS-FBMN/BPs se aplicó por primera vez para anotar los MIAs en los alcaloides de la hoja de (ALAS), un nuevo fármaco botánico para enfermedades respiratorias. Un total de 229 MIAs fueron anotados y clasificados sistemáticamente, formando una base sólida para futuras investigaciones clínicas sobre ALAS. Este estudio ofrece una estrategia efectiva que mejora la anotación estructural de los MIAs dentro de medicamentos herbales complejos.