Los genomas y los genes anotados del algodón alotetraploide han sido estudiados extensamente en los últimos años. Sin embargo, la expresión, regulación y evolución de los genes intergénicos (ITGs) no han sido completamente descifrados. En este estudio, identificamos un nuevo conjunto de ITGs expresados activamente en el algodón, a través de la profilación del transcriptoma basada en datos de secuenciación profunda, así como la inmunoprecipitación de cromatina, seguida de secuenciación (ChIP-seq) de modificaciones de histonas y cómo evolucionaron los ITGs. Se identificaron un total de 17,567 y 8249 ITGs en y , respectivamente. La expresión de los ITGs en fue significativamente mayor que en Además, se observaron exones más largos en los ITGs. Notablemente, el 42.3% de los ITGs de fue generado por inserciones de repeticiones terminales largas (LTR), mientras que su proporción en genes genéticos fue del 19.9%. Las proporciones e intensidades de las modificaciones H3K27ac y H3K4me3 de los ITGs fueron equivalentes a las de los genes genéticos. Las modificaciones H3K4me1 fueron más bajas en los ITGs. Además, los análisis de evolución revelaron que los ITGs de se produjeron principalmente hace aproximadamente 6.6 y 1.6 millones de años (Mya), más tarde que el tiempo estimado para los genes genéticos, que es de 7.0 Mya. La caracterización de los ITGs ayuda a elucidar la evolución de los genomas de algodón y arrojar más luz sobre sus funciones biológicas en la regulación transcripcional de los genes eucariotas, junto con los roles de las modificaciones de histonas en la especiación y diversificación.