El enorme potencial de la bacterioterapia en el tratamiento y prevención de enfermedades ha creado un gran mercado de probióticos. Existen desafíos significativos en la evaluación de la calidad, eficacia y viabilidad de los probióticos. Las bacterias ácido lácticas (BAL) son probióticos comúnmente utilizados y los más abundantes de la microbiota de los vertebrados. El objetivo de este estudio fue hacer que el agar MRS fuera específico para el probiótico NP51, ya que la formulación actual no es suficientemente selectiva. Aquí, se evaluaron 53 productos químicos para identificar compuesto(s) que redujeran el crecimiento de no-BAL y hongos en el agar de Mann, Rogosa y Sharpe (MRS), y que fueran selectivos para las BAL y específicamente la cepa probiótica NP51. Se seleccionó el alimento para el ganado como tipo de muestra, ya que comúnmente se enmienda con probióticos de levadura y a menudo incluye ensilaje, un consorcio microbiano diverso de hongos y BAL. Se evaluó el MRS modificado por su efectividad en la determinación de la viabilidad de los probióticos y la detección de NP51 en el alimento para el ganado, enmendado con este probiótico. Se utilizó qPCR para detectar y enumerar específicamente NP51 en muestras comerciales y experimentales de alimento. Para cuatro agentes selectivos, nistatina, clorhidrato de guanidina, CuSO y ZnCl, se identificó que cuando se usaban juntos, reducían el crecimiento de bacterias y hongos, pero no inhibían el probiótico NP51 y otras BAL. El análisis metagenómico reveló que las BAL eran el grupo principal cultivado en el agar MRS modificado a partir del sembrado de alimento para el ganado enmendado con ensilaje. Como enriquecimiento, el caldo MRS modificado mejoró la detección por qPCR de la cepa probiótica NP51. Este estudio ilustró que se pueden hacer mejoras a los medios bacteriológicos existentes para enumerar el probiótico NP51 y determinar la viabilidad del producto.