agReg-SNPdb: Una base de datos de SNPs regulatorios para especies de animales agrícolas
Autores: Klees, Selina; Heinrich, Felix; Schmitt, Armin Otto; Gültas, Mehmet
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 19
Citaciones: Sin citaciones
Los factores de transcripción (TFs) gobiernan la regulación transcripcional de los genes al unirse específicamente a cortos motivos de ADN, conocidos como sitios de unión de factores de transcripción (TFBSs), en regiones regulatorias, como los promotores. Hoy en día, se sabe que los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los TFBSs pueden afectar drásticamente el nivel de expresión génica, ya que pueden causar un cambio en la afinidad de unión de los TFs. Tales SNPs, conocidos como SNPs regulatorios (rSNPs), han ganado atención en las ciencias de la vida debido a su causalidad para rasgos o enfermedades específicas. En este estudio, presentamos agReg-SNPdb, una base de datos que comprende datos de rSNP de siete especies de animales agrícolas y domésticos: ganado, cerdo, pollo, oveja, caballo, cabra y perro. Para identificar los rSNPs, construimos una tubería de bioinformática e identificamos un total de 10,623,512 rSNPs, que se encuentran dentro de los TFBSs y afectan la afinidad de unión de los TFs putativos. En conjunto, implementamos el primer análisis sistemático de SNPs en regiones promotoras y su impacto en la afinidad de unión de los TFs para el ganado y lo hicimos utilizable a través de una interfaz web.
Descripción
Los factores de transcripción (TFs) gobiernan la regulación transcripcional de los genes al unirse específicamente a cortos motivos de ADN, conocidos como sitios de unión de factores de transcripción (TFBSs), en regiones regulatorias, como los promotores. Hoy en día, se sabe que los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los TFBSs pueden afectar drásticamente el nivel de expresión génica, ya que pueden causar un cambio en la afinidad de unión de los TFs. Tales SNPs, conocidos como SNPs regulatorios (rSNPs), han ganado atención en las ciencias de la vida debido a su causalidad para rasgos o enfermedades específicas. En este estudio, presentamos agReg-SNPdb, una base de datos que comprende datos de rSNP de siete especies de animales agrícolas y domésticos: ganado, cerdo, pollo, oveja, caballo, cabra y perro. Para identificar los rSNPs, construimos una tubería de bioinformática e identificamos un total de 10,623,512 rSNPs, que se encuentran dentro de los TFBSs y afectan la afinidad de unión de los TFs putativos. En conjunto, implementamos el primer análisis sistemático de SNPs en regiones promotoras y su impacto en la afinidad de unión de los TFs para el ganado y lo hicimos utilizable a través de una interfaz web.