Siempre que existe un cruce de un potencial a otro, se introducen problemas computacionales en la simulación de Dinámica Molecular (DM). Estos problemas se superan aquí mediante un algoritmo, descrito en detalle. El algoritmo se aplica a un potencial de partículas de 2 cuerpos para un modelo de reacción de bucle de histéresis. Se aplicaron condiciones extremas de temperatura para comprobar la eficacia del algoritmo mediante el control de las discrepancias globales de energía, presión y temperatura en un sistema en equilibrio. No debe observarse ninguna tasa neta de energía y otros flujos dentro del error experimental, además de la invariancia de la temperatura y la presión a lo largo de la celda MD para dicho sistema. Se comprueba que todas estas condiciones se cumplen sólo cuando se aplica el algoritmo. Se concluye que el método puede extenderse fácilmente a simulaciones MD sin equilibrio (NEMD) y a sistemas reactivos con bucles reversibles y sin histéresis.