Los metabolitos secundarios (SM) en las plantas desempeñan roles farmacológicos, ecológicos y nutricionales cruciales para los humanos, la vida silvestre y el ganado. La heterogeneidad ambiental (EH) abarca la variabilidad de los factores bióticos y abióticos que influyen en las respuestas biológicas de las especies de plantas. Los avances en la teledetección han mejorado la capacidad de evaluar los rasgos funcionales de las plantas de manera más asequible y completa al integrar datos de reflectancia espectral con metabolómica vegetal detallada. Sin embargo, los estudios que investigan la relación entre la EH, cuantificada utilizando el índice de heterogeneidad Q de Rao a partir de datos de teledetección, y la diversidad de SM siguen siendo limitados. Aquí, presentamos el primer informe que demuestra que el componente biótico de la EH, medido como Q de Rao, está positivamente asociado con la diversidad de SM en extractos de vaina de mezquite; valores más altos de Q de Rao corresponden a una mayor diversidad de SM. Los modelos aditivos generalizados (GAM) revelaron que el Q de Rao contribuyó con el mayor poder explicativo, representando el 21.2% de la desviación, en comparación con el peso de la vaina (13.7%) y la longitud de la vaina (2.03%). Sin embargo, solo la relación entre el Q de Rao y la diversidad de SM fue estadísticamente significativa ( = 0.029). El índice Q de Rao derivado de la teledetección sirve como un proxy escalable para identificar puntos críticos de SM, facilitando el descubrimiento dirigido de regiones con alto valor farmacológico o nutricional.