Además de las bacterias y virus patógenos, algunos compuestos bioactivos y toxinas naturales como las aminas biogénicas (AB) pueden ser responsables de intoxicaciones alimentarias. Estos compuestos, producidos principalmente por bacterias a través de la acción de las decarboxilasas, representan un riesgo para la salud de los consumidores y están involucrados en varios síndromes patogénicos, siendo la histamina y la tiramina las más peligrosas. Dado que la presencia de cantidades peligrosas de AB está asociada al crecimiento relevante de microorganismos decarboxilantes descomponedores, el contenido de AB se ha propuesto como un índice de calidad alimentaria en productos frescos. Varios factores, tanto intrínsecos como tecnológicos, pueden regular la acumulación de AB en los alimentos, influyendo en la población de bacterias positivas para decarboxilasa y fenómenos de proteólisis, especialmente en productos fermentados donde cepas pertenecientes a diferentes especies y géneros, comúnmente encontradas en estos alimentos, han sido caracterizadas por sus actividades decarboxilasas y asociadas con altos niveles de AB. Debido a su impacto en la salud humana y la calidad alimentaria, tanto el desarrollo de métodos simples y rápidos para la detección de AB como el aumento del conocimiento de los factores involucrados en la acumulación de AB son necesarios para enfrentar nuevos desafíos en las cadenas alimentarias y reducir las preocupaciones sanitarias relacionadas con las intoxicaciones alimentarias.