Scomberomorus cavalla es una especie de pez pelágico ampliamente distribuida en la costa oeste del Atlántico, y se está observando una notable disminución en su nivel de captura en Estados Unidos y el Golfo de México, en comparación con los niveles alcanzados por la especie en el pasado. Asimismo, en algunas zonas de Brasil, se han observado indicios de sobreexplotación. Sin embargo, no existen estudios moleculares centrados en la gestión de un recurso tan importante. Por lo tanto, en el presente estudio, se secuenciaron 380 pares de bases de nucleótidos de la región D-Loop del ADN mitocondrial de muestras de Macapá, Bragança y Fortaleza. Los análisis filogenéticos y poblacionales revelaron que solo existe una población panmítica y se verificaron bajos niveles de variabilidad genética. Estos resultados, así como la sobreexplotación observada de S. cavalla, constituyen datos muy importantes para determinar la gestión de esta población y así prevenir su colapso o el riesgo de extinción futura.