El cacao es un cultivo estratégico en Perú debido a su significativo impacto socioeconómico, lo que impulsa esfuerzos extensos para recolectar, caracterizar y conservar su diversidad genética. Este estudio tuvo como objetivo establecer criterios fenotípicos para diferenciar y estructurar el germoplasma de Cacao Amazonas Perú (CAP), proporcionando así una base para programas de selección y mejoramiento. Se evaluaron un total de 113 accesiones del Banco de Germoplasma del INIA durante dos temporadas de cultivo consecutivas utilizando 33 descriptores agromorfológicos cuantitativos y 18 cualitativos. Los datos se analizaron a través de enfoques univariantes y multivariantes. Los resultados revelaron una variabilidad fenotípica sustancial, con coeficientes de variación que alcanzaron hasta el 37.5% para rasgos cuantitativos relacionados con el fruto, todos exhibiendo altos valores de heredabilidad (>60%). El análisis de componentes principales indicó que los dos primeros componentes explicaron el 29.3% de la varianza total, influenciados principalmente por descriptores de frutos y semillas. El análisis de agrupamiento jerárquico identificó ocho grupos fenotípicos; un clúster exhibió alta masa de semillas y un índice de vaina favorable (17.63), mientras que otro mostró el índice de semillas más alto (1.55 g) y la mayor distancia intragrupo (7.54). Esta caracterización integral destaca accesiones con un potencial agronómico y bioactivo superior, proporcionando un marco sólido para la selección parental, el desarrollo de colecciones centrales y estrategias de mejoramiento dirigidas para mejorar la competitividad y resiliencia del cacao ante las condiciones climáticas cambiantes.