Se identificaron diferencias significativas en la composición del microbioma intestinal de los grupos salvaje, domesticado y cultivado a niveles de filo y género, reflejando el contraste entre las condiciones salvajes y de cultivo. Se observó una mayor riqueza y diversidad en la microbiota intestinal del grupo salvaje, mientras que los grupos domesticados y cultivados mostraron menor riqueza y diversidad. El agrupamiento de las comunidades microbianas intestinales se asoció claramente con sus respectivos entornos, con un mayor grado de similitud entre los grupos domesticados y cultivados. Nuestros hallazgos destacaron además la influencia de diferentes entornos y recursos alimentarios en la configuración de los perfiles funcionales de la microbiota intestinal de los peces.