Nos propusimos establecer un método de análisis cuantitativo de seis componentes (ácido 5-cafeoilquínico, ácido 3-cafeoilquínico, ácido 4-cafeoilquínico, ácido 1,3-dicafeoilquínico, ácido 3,4-dicafeoilquínico y ácido 4,5-dicafeoilquínico) en Artemisia capillaris (Yinchen) y su decocción mediante HPLC acoplada con DAD. Además, se analizaron las vías de transformación de los seis constituyentes en el proceso de preparación de la decocción. El método analítico se validó completamente en términos de linealidad, sensibilidad, precisión, repetibilidad y recuperación, y se aplicó para evaluar la tendencia de transformación y el análisis cuantitativo de los seis constituyentes en la decocción de Yinchen. Los contenidos de los seis constituyentes variaron enormemente en la hierba Yinchen y en la decocción Yinchen, y hubo inextricables relaciones internas entre ellos. Presumiblemente, el ácido 3-cafeilquínico se isomerizó para generar ácido 5-cafeilquínico y ácido 4-cafeilquínico. Del mismo modo, el ácido 1,3-dicafoilquínico y el ácido 3,4-dicafoilquínico se produjeron por isomerización del ácido 4,5-dicafoilquínico. En conclusión, este estudio proporciona una base química para el control de calidad de la decocción de Yinchen, y los cambios de los marcadores seleccionados en la decocción podrían darnos algunas perspectivas novedosas para estudiar la relación entre las sustancias y la eficacia de los fármacos.