Las sondas fluorescentes permiten detectar especies no fluorescentes mediante fluorescencia inducida por láser de alta sensibilidad. Las aminas orgánicas son predominantemente no fluorescentes y son de interés analítico en la ciencia agrícola y alimentaria, en aplicaciones biomédicas y en la detección de armas biológicas. El éster N-hidroxisuccinimidílico Alexa Fluor 488 (éster AF488 NHS) es una sonda fluorescente específica de aminas. Aquí demostramos el bajo límite de detección de aminas primarias de cadena larga (C9 a C18) y optimizamos la derivatización de aminas primarias de cadena larga con AF488. La reacción resultó igualmente eficaz en todos los disolventes estudiados (dimetilsulfóxido, etanol y N,N-dimetilformamida). Aunque se requiere una base orgánica (N,N-diisopropiletilamina) para lograr una reacción eficaz entre el éster AF488 NHS y las aminas orgánicas con cadenas hidrofóbicas más largas, las concentraciones elevadas (>5 mM) dan lugar a un aumento de los niveles de etilamina y propilamina en el blanco. Los tiempos de incubación óptimos resultaron ser >12 horas a temperatura ambiente. Presentamos una separación inicial por electroforesis capilar para el análisis utilizando un simple tampón de cromatografía electrocinética micelar (MEKC) consistente en 12 mM de dodecilsulfato sódico (SDS) y 5 mM de carbonato, pH 10. Los límites de detección utilizando el tampón MEKC se han optimizado. Los límites de detección utilizando las condiciones de etiquetado optimizadas y estas condiciones de separación fueron de 5-17 nM. El método presentado aquí representa una nueva adición al arsenal de sondas fluorescentes disponibles para el análisis altamente sensible de pequeñas moléculas orgánicas.