La eficiencia en el uso de nitrógeno (N) y fósforo (P) de los cultivos (NUE/PUE) es importante para minimizar el desperdicio y la contaminación por nutrientes, pero actualmente no hay cultivos mejorados para ambos. Los abordamos juntos en el arroz, dado su alto consumo de fertilizantes NPK. Analizamos 46 parámetros morfofisiológicos para la respuesta N/P en tres genotipos indica populares, a saber, BPT 5204, Panvel 1 y CR Dhan 301, en dosis bajas, medias y normales de N/P. Incluyen 18 parámetros vegetativos, 15 fisiológicos y 13 reproductivos. La segregación de parámetros significativamente sensibles a N/P que correlacionan con NUE/PUE reveló 21 NUE, 22 PUE y 12 parámetros comunes. Los análisis de selección de características revelaron los parámetros comunes de alto rango, incluyendo la tasa fotosintética en la etapa reproductiva, el número de macollas, la relación raíz-tallo, el grosor del tallo y el ancho de la hoja bandera. La selección de Venn utilizando los genes candidatos relacionados con NUE/PUE reportados en arroz reveló cinco genes en común para ambos, que estaban asociados con tres de los rasgos comunes para NUE/PUE. Sus estudios de expresión utilizando qRT-PCR revelaron la regulación opuesta en genotipos contrastantes para y en respuesta a N y para en respuesta a P, indicando su papel en las eficiencias de uso contrastantes de N/P. En general, CR Dhan 301 tiene la mayor NUE y PUE, seguido de Panvel 1 y BPT5204 entre los genotipos estudiados.