Los resultados de la investigación en las instituciones de educación superior (IES) dependen crucialmente del proceso de gestión de la investigación. Partiendo de un análisis FODA, el objetivo principal de este documento es analizar las percepciones de los interesados (investigadores, docentes y altos directivos de investigación) respecto a las principales fortalezas y debilidades de las IES, así como evaluar las oportunidades y amenazas potenciales presentes en el entorno externo. Se analizaron un total de 462 respuestas de siete IES y dos ministerios que participan en el proyecto INNOVA en Bolivia y Paraguay. Los resultados del análisis estadístico indican que los encuestados tienden a identificar los obstáculos y facilitadores tradicionales para el desarrollo de la investigación, a saber, la escasez e inestabilidad de las políticas públicas, que permea las instituciones, disminuyendo la consistencia de las políticas internas de investigación y creando dificultades en el acceso a financiamiento y oportunidades de desarrollo profesional. Basándose en el progreso sustancial realizado en los últimos años, el ciclo vicioso puede ser detenido con estabilidad política y una acción comprometida entre todas las partes interesadas.