La ganadería es una de las ocupaciones más antiguas del ser humano. Comenzó con la domesticación de animales y se desarrolló continuamente, en paralelo con la evolución de la sociedad humana. La selección y mejora de las cabras en Rumanía no fue un objetivo claramente definido hasta alrededor de 1980. En los últimos años, con el creciente valor económico otorgado a las cabras, se están estableciendo programas de cría. En Rumanía, se han llevado a cabo algunos estudios genéticos de cabras utilizando microsatélites y ADNmt; sin embargo, aún falta una caracterización sistemática de los recursos genómicos de cabra del país. En este estudio, analizamos la variabilidad genética de las cabras Carpatina de cuatro áreas geográficas distintas (norte, noreste, este y sur de Rumanía), utilizando el chip de alta densidad Illumina OvineSNP60 (RefSeq ARS1) para 67 cabras. Se calcularon los valores de heterocigosidad, coeficientes de endogamia y tamaño efectivo de la población en todos los autosomas para aquellas poblaciones que habitan en entornos de alta y baja altitud y alta y baja temperatura. La diversidad, medida por la heterocigosidad esperada, varió de 0.413 en el grupo de un entorno de baja temperatura a 0.420 en el grupo de un entorno de alta temperatura. Dentro de los grupos estudiados, las cabras HT (alta temperatura) fueron el único grupo con un valor promedio de coeficiente de endogamia positivo pero bajo, que fue de 0.009. Después del análisis de control de calidad (QC), quedaron 46,965 SNPs para el análisis (MAF < 0.01). La LD se calculó para cada cromosoma por separado. Ha estado disminuyendo desde el momento de la domesticación, habiendo alcanzado recientemente 123, 125, 185 y 92 para el grupo HA (alta altitud), LA (baja altitud), HT (alta temperatura) y LT (baja temperatura), respectivamente. Nuestro estudio reveló un bajo impacto de la endogamia en la población Carpatina, y la tendencia también indicó un fuerte declive en los últimos cien años. Estos resultados contribuirán a la mejora genética de la raza Carpatina.