Las semillas de apio contienen varios compuestos bioactivos y se utilizan comúnmente como especia y suplemento nutricional en la vida diaria de las personas. La calidad de las semillas de apio vendidas en el mercado varía y sus regiones de producción no están claras. Este estudio evaluó los metabolitos de semillas de apio chino de tres regiones de producción utilizando HS-SPME-GC-MS, HS-GC-IMS y UPLC-ESI-MS/MS. Los resultados indican que el análisis de GC-IMS obtuvo un perfil metabólico diferente al detectado mediante GC-MS. Los terpenoides, polifenoles, cumarinas y ftálidos son los principales compuestos bioactivos en las semillas de apio. La región de producción afecta significativamente las características metabólicas de las semillas de apio. Basándose en los datos de GC-MS, datos de GC-IMS y datos de LC-MS, el análisis de variación seleccionó 6, 12 y 8 metabolitos como posibles metabolitos característicos en las semillas de apio relacionados con la región de producción, respectivamente. Según las características aromáticas de los metabolitos característicos, las semillas de la región de HCQ y la región de HZC tienen un fuerte aroma herbal, amaderado, a apio y trementina. La concentración de metabolitos secundarios fue más alta en las semillas de la región de HCQ seguida de la región de HZC, y fue la más baja en la región de JJC. En conjunto, este estudio investiga cómo las procedencias geográficas influyen en el perfil metabolómico de las semillas de apio. Los resultados pueden ser utilizados para guiar el cultivo y la cosecha de semillas de apio en regiones adecuadas.