La producción de ciruelas europeas se ve afectada principalmente por spp. de daño, causando infecciones completas de podredumbre parda por patógenos. Las ciruelas son susceptibles al patógeno, que es el más común en Europa. Este estudio tiene como objetivo analizar los perfiles de expresión génica y las vías de señalización de la ciruela europea, cv. Victoria, inoculada con el patógeno a las 24, 48 y 72 horas después de la inoculación. Mediante el secuenciamiento del transcriptoma, el número de genes diferencialmente expresados (DEGs) aumentó con el tiempo, siendo el número más alto a las 72 hpi, mostrando la tendencia a involucrar más genes en la respuesta a la exposición prolongada al patógeno. Las proteínas de la familia relacionada con la patogénesis (PR) y el locus O de resistencia al mildiú (MLO-like) se expresaron en mayor medida durante la respuesta de la ciruela al patógeno. La ciruela inicia respuestas de defensa complejas activando significativamente 23 vías según la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). En este estudio, los genes expresados durante la infección respondieron al estrés, la defensa, la muerte celular y la resistencia a enfermedades. Los hallazgos de este estudio podrían utilizarse como base para investigaciones adicionales de marcadores vinculados a la resistencia o susceptibilidad a enfermedades en híbridos de ciruela a una edad temprana, lo que mejorará el proceso de cría de ciruelas.