La microbiota intestinal contribuye a la salud animal. Sin embargo, identificar qué microorganismos o funciones asociadas están involucrados sigue siendo difícil de evaluar. En el presente estudio, se investigó la microbiota de pollos de engorde sanos, bajo condiciones controladas de dieta y granja, mediante secuenciación del gen 16S rRNA en cuatro segmentos del intestino y a cuatro edades. En detalle, se criaron 210 pollos machos Ross-308 de acuerdo con las directrices de la UE y se les alimentó con una dieta comercial. Se analizó la microbiota del duodeno, yeyuno, íleon y ciego a los 11, 24, 35 y 46 días de vida. Aunque la composición microbiana se reveló homogénea 11 días después de que los pollitos nacieron, se encontró que era similar en los segmentos intestinales proximales y diferente en el íleon y ciego, donde se detectaron casi los mismos géneros y especies con diferentes abundancias relativas. Aunque se revelaron cambios durante la etapa de crecimiento posterior, cada género permaneció relativamente sin cambios, colonizando principalmente la parte superior del tracto intestinal, mientras que el género predominó en el íleon. y los géneros fueron predominantes en el ciego, donde se observó la mayor riqueza de taxones bacterianos. También analizamos y discutimos el papel previsto de la microbiota para cada segmento intestinal y su posible participación en la digestión y absorción de nutrientes.