Turcz., una hierba perenne de la familia Santalaceae, exhibe potentes propiedades antibacterianas y antiinflamatorias. Se realizó secuenciación del transcriptoma en plantas de uno y dos años en las etapas de plántula, floración y fructificación (todas muestreadas del mismo lugar) utilizando la plataforma Illumina NovaSeq 6000. Se identificaron un total de 58,706 unigenes, incluidos 1,656 factores de transcripción (TFs). Un análisis adicional clasificó estos TFs en siete categorías funcionales, lo que permitió la reconstrucción de una red reguladora representativa de TF. El análisis de expresión diferencial reveló que el número de genes expresados diferencialmente (DEGs) osciló entre 2,000 y 5,000 durante diferentes etapas de desarrollo en plantas de primer año, mientras que varió entre 1,000 y 2,000 en plantas de segundo año. El análisis comparativo de DEGs entre plantas de uno y dos años mostró que estaban principalmente asociados con la biosíntesis de esqueletos de sesquiterpenos, triterpenos y terpenos, así como con otras vías metabólicas. Además, el análisis de genes clave involucrados en la biosíntesis de flavonoides, los principales compuestos bioactivos, reveló su acumulación predominante durante el primer año de crecimiento. Este estudio proporciona valiosos conocimientos sobre la biología del desarrollo y establece una base para futuras investigaciones sobre los genes de la vía de biosíntesis de flavonoides y sus aplicaciones terapéuticas.