Los hongos son una parte importante del ecosistema atmosférico, pero son un grupo poco explorado. Los hongos patógenos en el aire son la causa raíz de estados hipersensibles y alérgicos muy prevalentes en Kuwait. Las frecuentes tormentas de polvo en la región los transportan aún más hacia las áreas urbanas, lo que representa un riesgo para la salud ocupacional. La población fúngica asociada con las fracciones respirables (más de 2.5 um) e inhalables (2.5 um y menos) de los aerosoles ha sido explorada de manera negligente y merece un perfilado exhaustivo para identificar las implicaciones para la salud. Para la presente investigación, se recolectó aerosol utilizando un muestreador de aire de alto volumen acoplado a un impactador de cascada de seis etapas (Tisch Environmental, Inc) a una tasa de 566 L/min. Las muestras fueron lisadas, se extrajo ADN y se secuenciaron las regiones transcritas internas mediante secuenciación de amplicones dirigidos. Se registraron y con abundancias relativas medias (RA%) de 17.5%, 12.9%, 12.9%, 4.85%, 4.08%, 2.77% y 2.51%, respectivamente. Se asoció una estructura comunitaria débil con cada fracción de tamaño (ANOSIM r = 0.11; > 0.05). Los índices de Shannon y Simpson también variaron entre los aerosoles respirables e inhalables. Aproximadamente 24 géneros fueron significativamente diferentes en abundancia, como se describió a través de la prueba de suma de rangos de Wilcoxon (< 0.05). El microbioma fúngico existió como una compleja red de redes que exhibían tanto correlaciones positivas como negativas y estaban involucradas en 428 funciones. Todos los géneros predominantes eran patógenos, por lo tanto, su presencia en fracciones inhalables genera preocupaciones y representa un riesgo de exposición ocupacional tanto para la biota humana como no humana. Además, el transporte a larga distancia de estos hongos a ubicaciones urbanas es indeseable pero plausible.