Este estudio tuvo como objetivo examinar exhaustivamente la interfaz entre metabolitos primarios y secundarios en coles chinas de forma ovalada y rectangular utilizando cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas de tiempo de vuelo (GC-TOFMS) y cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC). Además de las diferencias en la forma, hubo una variación morfológica significativa entre las dos variedades. La variedad rectangular tenía mayor altura y un color verde más profundo, mientras que la variedad ovalada tenía más hojas y mayor anchura. Un total de 42 metabolitos primarios identificados por GC-TOFMS fueron sometidos a discriminante de mínimos cuadrados parciales, lo que indicó diferencias significativas en los metabolismos primarios y secundarios de las dos variedades. Además, los contenidos totales de glucosinolatos y fenoles fueron mayores en la variedad ovalada, mientras que la variedad rectangular contenía un nivel más alto de carotenoides totales. Este estudio del metaboloma describe exhaustivamente la relación entre metabolitos primarios y secundarios en las variedades ovalada y rectangular de coles chinas y proporciona información útil para desarrollar estrategias para mejorar la biosíntesis de glucosinolatos, fenoles y carotenoides en coles chinas. Además, este trabajo destaca que el perfilado de metabolitos basado en HPLC y GC-TOFMS es una técnica adecuada para determinar las diferencias metabólicas en coles chinas.