El color de la piel es una característica fenotípica importante de la aptitud de los vertebrados en condiciones naturales. El pez dorado celestial, una raza común de pez dorado en China, muestra principalmente tres tipos de colores de piel: blanco, amarillo y marrón. Sin embargo, la base genética molecular de este fenotipo aún no está clara. En este estudio, se llevó a cabo una secuenciación de alto rendimiento en los tejidos de piel dorsal de peces dorados celestiales con diferentes colores de piel. Se generaron aproximadamente 58.46 Gb de datos originales, que fueron filtrados y analizados, y se obtuvieron 74,297 ARNm según el transcriptoma de referencia. Se seleccionaron un total de 4653 genes expresados diferencialmente entre los grupos marrón, amarillo y blanco, y la expresión de los genes relacionados con la melanogénesis en los peces dorados marrones fue significativamente mayor que en los otros dos grupos. Hay 19 genes expresados diferencialmente comunes entre los tres grupos, de los cuales ocho están relacionados con la producción de pigmento. La RT-qPCR verificó que los patrones de expresión de los transcritos expresados diferencialmente seleccionados al azar eran altamente consistentes con los obtenidos por secuenciación de ARN. La anotación GO y KEGG reveló que estos genes expresados diferencialmente estaban en su mayoría enriquecidos en vías de producción de pigmento, incluyendo melanogénesis, metabolismo de la tirosina, vías de señalización, etc. Estos resultados indicaron que las características externas de los peces dorados son consistentes con los resultados del análisis a nivel de transcriptoma. Los resultados de este estudio sentarán las bases para un estudio más profundo sobre las características de expresión y el análisis de redes genéticas de genes relacionados con el pigmento.