El arroz de ladera Shanlan es un recurso único de arroz del grupo étnico Li y Miao en China y sirve como un valioso banco de genes adaptado a entornos montañosos tropicales. Para explorar las relaciones genéticas del arroz de ladera Shanlan de diferentes orígenes geográficos, se utilizaron 21 marcadores SSR para realizar análisis de diversidad genética y estructura poblacional en 288 accesiones de arroz de ladera Shanlan de 10 provincias (regiones) en el sur de China. Resultados: El estudio reveló que los valores medios del número efectivo de alelos (Ne), el índice de información de Shannon (I), el contenido de información polimórfica (PIC), la heterocigosidad observada (Ho) y la heterocigosidad esperada (He) para el arroz de ladera Shanlan fueron 1.616, 0.491, 0.74, 0.129 y 0.306, respectivamente. El análisis de diversidad genética y el análisis de varianza molecular (AMOVA) mostraron que la principal fuente de variación entre los materiales era las plantas individuales de arroz de ladera Shanlan. Los resultados de distancia genética y diferenciación revelaron las relaciones filogenéticas entre las poblaciones de arroz de ladera Shanlan. Tanto los análisis de agrupamiento como los de estructura poblacional dividieron los materiales en cinco subgrupos, sugiriendo que el arroz de ladera Shanlan de Qiongzhong, Hainan, podría ser el centro de diversidad genética para el arroz de ladera Shanlan de Hainan, mientras que el arroz de Dongfang, Hainan, y las poblaciones del interior exhiben aislamiento genético. Este estudio proporciona datos fundamentales para la conservación prioritaria y la utilización innovadora de los recursos de germoplasma de arroz de ladera Shanlan.