La pera (L.) es una especie de árbol frutal ampliamente cultivada, valorada por su significativo impacto económico y relevancia cultural. El aumento de cultivares comerciales, caracterizados por su uniformidad genética y alto rendimiento, está desplazando cada vez más a las variedades tradicionales. Sin embargo, las variedades tradicionales están altamente adaptadas a las condiciones ambientales locales, resultado de siglos de selección. En este estudio, se genotiparon 51 accesiones de pera (L.) conservadas en la colección nacional de germoplasma griega utilizando ocho marcadores SSR recomendados por el Programa Cooperativo Europeo para Recursos Genéticos Vegetales (ECPGR). Se detectaron un total de 44 alelos, incluidos varios alelos privados, indicativos de adaptación localizada o posible aislamiento genético. Los análisis de la estructura poblacional y la diversidad genética, utilizando Análisis de Coordenadas Principales (PCoA), agrupamiento UPGMA y inferencia bayesiana a través de STRUCTURE, revelaron agrupaciones genéticas distintas dentro de la colección. Los resultados revelaron una variabilidad genética moderada entre las 51 accesiones e identificaron algunas accesiones con una divergencia genética significativa. Estos hallazgos subrayan la importancia de conservar el germoplasma de pera griega, ya que representa una fuente ideal de características deseables, como la tolerancia al estrés y la calidad de la fruta, que pueden ser utilizadas en programas de mejoramiento.