Ensamblaje y Análisis del Genoma Mitocondrial de subsp., una Importante Especie de Árbol Forestal Ecológica y Económica en China
Autores: Li, Jie; Lu, Song-Song; Bi, Yang; Jiang, Yu-Mei; Feng, Li-Dan; He, Jing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Encontrado
Genoma mitocondrial
Genes
Especies
Ecológico
Genoma.
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
subsp. se encuentra extensamente en China, donde la precipitación anual varía de 400 a 800 mm. Es la especie más dominante en los bosques naturales de espino cerval de mar y el cultivar principal para plantaciones ecológicas artificiales. Además, exhibe un valor nutricional y medicinal significativo, lo que la convierte en una especie de árbol eco-económica reconocida. A pesar de la extensa investigación sobre sus funciones ecológicas y beneficios para la salud, el genoma mitocondrial de esta especie ampliamente distribuida aún no se ha publicado, y el conocimiento del genoma mitocondrial es crucial para entender la adaptación ambiental de las plantas, la evolución y la herencia materna. Por lo tanto, el genoma mitocondrial completo se ensambló con éxito alineando datos de secuenciación de tercera generación con la secuencia del genoma de referencia utilizando las tecnologías Illumina NovaSeq 6000 y Nanopore Prometh ION. Además, se analizaron la estructura del gen, la composición, las secuencias repetidas, el sesgo en el uso de codones, los fragmentos homólogos y los indicadores relacionados con la filogenia. Los resultados mostraron que la longitud del genoma mitocondrial es de 454,489 pb, conteniendo 30 genes de tRNA, tres genes de rRNA, 40 PCGs y dos pseudogenes. Se identificaron un total de 411 sitios de edición de RNA C-a-U en 33 genes que codifican proteínas (PCGs), con frecuencias más altas observadas en , , , , , y genes. Además, se detectaron 31 fragmentos derivados de cloroplastos, que representan el 11.86% de la longitud del genoma mitocondrial. Los genes , , y relacionados con el metabolismo energético mostraron presión de selección positiva. La similitud de la secuencia del genoma mitocondrial entre subsp. y o fue del 99.34% y 99.40%, respectivamente. Se identificaron quince grupos de genes compartidos entre subsp. y . Filogenéticamente, el orden Rosales mostró relaciones cercanas con Fagales, Fabales, Malpighiales y Celastrales. Estos hallazgos proporcionan datos fundamentales para explorar la distribución generalizada de subsp. y ofrecen apoyo teórico para entender los mecanismos evolutivos dentro del género y la selección de objetivos de cría molecular.
Descripción
subsp. se encuentra extensamente en China, donde la precipitación anual varía de 400 a 800 mm. Es la especie más dominante en los bosques naturales de espino cerval de mar y el cultivar principal para plantaciones ecológicas artificiales. Además, exhibe un valor nutricional y medicinal significativo, lo que la convierte en una especie de árbol eco-económica reconocida. A pesar de la extensa investigación sobre sus funciones ecológicas y beneficios para la salud, el genoma mitocondrial de esta especie ampliamente distribuida aún no se ha publicado, y el conocimiento del genoma mitocondrial es crucial para entender la adaptación ambiental de las plantas, la evolución y la herencia materna. Por lo tanto, el genoma mitocondrial completo se ensambló con éxito alineando datos de secuenciación de tercera generación con la secuencia del genoma de referencia utilizando las tecnologías Illumina NovaSeq 6000 y Nanopore Prometh ION. Además, se analizaron la estructura del gen, la composición, las secuencias repetidas, el sesgo en el uso de codones, los fragmentos homólogos y los indicadores relacionados con la filogenia. Los resultados mostraron que la longitud del genoma mitocondrial es de 454,489 pb, conteniendo 30 genes de tRNA, tres genes de rRNA, 40 PCGs y dos pseudogenes. Se identificaron un total de 411 sitios de edición de RNA C-a-U en 33 genes que codifican proteínas (PCGs), con frecuencias más altas observadas en , , , , , y genes. Además, se detectaron 31 fragmentos derivados de cloroplastos, que representan el 11.86% de la longitud del genoma mitocondrial. Los genes , , y relacionados con el metabolismo energético mostraron presión de selección positiva. La similitud de la secuencia del genoma mitocondrial entre subsp. y o fue del 99.34% y 99.40%, respectivamente. Se identificaron quince grupos de genes compartidos entre subsp. y . Filogenéticamente, el orden Rosales mostró relaciones cercanas con Fagales, Fabales, Malpighiales y Celastrales. Estos hallazgos proporcionan datos fundamentales para explorar la distribución generalizada de subsp. y ofrecen apoyo teórico para entender los mecanismos evolutivos dentro del género y la selección de objetivos de cría molecular.