En este estudio, se determinó la diversidad genética y la estructura de 474 accesiones cultivadas y 19 accesiones silvestres de lablab utilizando 15 marcadores SSR nucleares y 6 marcadores SSR de cloroplasto. La diversidad genética general fue relativamente baja (0.3441). La diversidad genética en las accesiones silvestres (0.6059) fue aproximadamente dos veces mayor que en las accesiones cultivadas. En las accesiones silvestres, la diversidad genética fue mayor en el sur de África, seguida por el este de África. En las accesiones cultivadas, la diversidad genética fue más alta en el este de África. Los resultados sugieren que Sudáfrica es el centro de origen y el este de África es el centro de domesticación del lablab. Diferentes análisis de clúster mostraron que las accesiones cultivadas de vaina de 2 semillas (ssp.) se agruparon con accesiones silvestres y que las accesiones cultivadas de vaina de 4 (6) semillas (ssp. y ) estaban entremezcladas. El árbol UPGMA sugirió que las ssp. y fueron domesticadas a partir de accesiones silvestres de vaina de 4 semillas del sur de África. El análisis de red de haplotipos basado en SSR nucleares reveló dos rutas de domesticación; la ssp. se domesticó a partir de lablab silvestre de 2 semillas (spp. silvestre) del este de África (Etiopía), mientras que las ssp. y se domesticaron a partir de lablab silvestre de 4 semillas de África Central (Ruanda). Estos resultados son útiles para comprender la domesticación y revisar la clasificación del lablab.