Análisis de Redes de Datos de Genómica Funcional: Aplicación a la Expresión Génica con Sesgo Sexual en Aves
Autores: Frings, Oliver; Mank, Judith E.; Alexeyenko, Andrey; Sonnhammer, Erik L. L.
Idioma: Inglés
Editor: The Scientific World Journal
Año: 2012
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Bioingeniería
Palabras clave
Expresión génica
Análisis basado en redes
Específico según el sexo
Red de interacción
Genes sesgados por sexo
Módulos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
El análisis de la expresión génica se utiliza a menudo para investigar los fundamentos moleculares y funcionales de un fenotipo. Sin embargo, la expresión diferencial de genes individuales es limitada en el sentido de que no considera cómo interactúan los genes entre sí en redes. Para abordar esta limitación, proponemos una serie de análisis basados en redes que proporcionan información funcional adicional sobre el proceso estudiado. Estos fueron aplicados a un conjunto de datos de expresión génica específica de sexo en el gonad y cerebro de pollos en diferentes etapas de desarrollo. Primero construimos una red de interacción global de pollos. Combinando la red con los datos de expresión, observamos que la mayoría de los genes con sesgo sexual tienden a tener una menor conectividad en la red, es decir, actúan dentro de entornos de red locales, aunque se encontraron algunas excepciones interesantes. Los genes con el mismo sesgo sexual generalmente estaban más fuertemente conectados entre sí de lo esperado. También estudiamos los destinos de los genes duplicados con sesgo sexual y encontr
Descripción
El análisis de la expresión génica se utiliza a menudo para investigar los fundamentos moleculares y funcionales de un fenotipo. Sin embargo, la expresión diferencial de genes individuales es limitada en el sentido de que no considera cómo interactúan los genes entre sí en redes. Para abordar esta limitación, proponemos una serie de análisis basados en redes que proporcionan información funcional adicional sobre el proceso estudiado. Estos fueron aplicados a un conjunto de datos de expresión génica específica de sexo en el gonad y cerebro de pollos en diferentes etapas de desarrollo. Primero construimos una red de interacción global de pollos. Combinando la red con los datos de expresión, observamos que la mayoría de los genes con sesgo sexual tienden a tener una menor conectividad en la red, es decir, actúan dentro de entornos de red locales, aunque se encontraron algunas excepciones interesantes. Los genes con el mismo sesgo sexual generalmente estaban más fuertemente conectados entre sí de lo esperado. También estudiamos los destinos de los genes duplicados con sesgo sexual y encontr