La tecnología de haploides duplicados (DH) acelera la mejora del maíz al generar líneas completamente homocigotas en dos generaciones, pero su eficiencia depende de marcadores de identificación haploide confiables. El marcador de pigmentación de raíz Purple plant 1 ha surgido como una alternativa prometedora al R1-Navajo, que sufre de una supresión frecuente en el germoplasma tropical. Este estudio evaluó la expresión y el vigor de plántulas en 298 genotipos de maíz tailandés diversos a través de cuatro clases de mercado bajo condiciones controladas en cámara de crecimiento (24 +/- 1 grados C, 85-90% de humedad y iluminación estandarizada), seguido de un análisis de prueba cruzada con 89 genotipos representativos cruzados con BHI306 para distinguir entre la ausencia alélica y los mecanismos de supresión epistática. Se observó una ausencia completa de expresión en el 99.3% de los genotipos tailandeses, en contraste con la expresión consistente en el control derivado de climas templados (BHI306). La progenie F de prueba cruzada de 89 cruces Tailandés x BHI306 exhibió niveles de expresión intermedios (1.57-2.05) en todas las clases de mercado, confirmando la ausencia alélica en lugar de la inhibición mediada por supresores. Se detectó una diversidad genética sustancial en los rasgos de vigor de plántulas independientemente del estado, con una longitud de raíz que varió 43 veces y un peso fresco 20 veces, mostrando efectos genotípicos altamente significativos. La falta uniforme de expresión en el germoplasma tailandés elimina la interferencia de fondo, destacando su utilidad como un marcador complementario cuando se introgrede de líneas inductoras. Estos hallazgos establecen la base genética para implementar estrategias de mejora DH optimizadas en maíz tropical a través de enfoques de retrocruzamiento asistido por marcadores.