Caracterización y Análisis Transcriptómico de la Familia EIN/EIL de Sorgo y Identificación de Sus Roles en la Maduración de los Internodos
Autores: Tu, Min; Hua, Yuqing; Shao, Ti; Zhang, Siyu; Xiang, Zihan; Yu, Manting; Wang, Guoli; Li, Zhuang; He, Yun; Yang, Lin; Li, Yin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 2
Citaciones: Sin citaciones
Las proteínas insensibles al etileno 3/parecidas a insensibles al etileno 3 (EIN3/EIL) representan un grupo de factores de transcripción críticos para la transducción de señales de etileno que manipulan los genes responsables de la respuesta al etileno, regulando así el crecimiento, desarrollo y respuestas al estrés de las plantas. Sin embargo, la identificación, evolución y divergencia de la familia EIL aún deben ser estudiadas. Aquí, identificamos ocho genes, que se expandieron debido a eventos de duplicación del genoma completo (WGD). La caracterización de las secuencias de proteínas y el atlas de expresión demuestran que los genes duplicados por WGD podrían volverse divergentes debido a los patrones de expresión diferencial, en lugar de las arquitecturas de dominio y motivo. Se realizó un análisis de expresión comparativa entre los conjuntos de datos de RNA-seq de los entrenudos de varias variedades de sorgo para comprender los posibles roles de los miembros de SbEIL en la elongación y maduración de los entrenudos. Nuestros resultados identificaron y (este último como un homólogo de ) como los genes altamente expresados en los entrenudos de sorgo y revelaron un posible vínculo funcional entre y la maduración de los entrenudos. El análisis de coexpresión y el análisis de expresión comparativa con conjuntos de genes regulados por etileno encontraron que estaba co-regulado con un conjunto de genes de degradación de proteínas relacionadas con la ubiquitina, sugiriendo una posible implicación de SbEIL7 en la degradación y procesamiento de proteínas durante las etapas post-anthesis. En conjunto, nuestros hallazgos sientan una base para futuros estudios funcionales sobre la regulación génica mediada por señales de etileno y la mejora del desarrollo de los entrenudos de sorgo.
Descripción
Las proteínas insensibles al etileno 3/parecidas a insensibles al etileno 3 (EIN3/EIL) representan un grupo de factores de transcripción críticos para la transducción de señales de etileno que manipulan los genes responsables de la respuesta al etileno, regulando así el crecimiento, desarrollo y respuestas al estrés de las plantas. Sin embargo, la identificación, evolución y divergencia de la familia EIL aún deben ser estudiadas. Aquí, identificamos ocho genes, que se expandieron debido a eventos de duplicación del genoma completo (WGD). La caracterización de las secuencias de proteínas y el atlas de expresión demuestran que los genes duplicados por WGD podrían volverse divergentes debido a los patrones de expresión diferencial, en lugar de las arquitecturas de dominio y motivo. Se realizó un análisis de expresión comparativa entre los conjuntos de datos de RNA-seq de los entrenudos de varias variedades de sorgo para comprender los posibles roles de los miembros de SbEIL en la elongación y maduración de los entrenudos. Nuestros resultados identificaron y (este último como un homólogo de ) como los genes altamente expresados en los entrenudos de sorgo y revelaron un posible vínculo funcional entre y la maduración de los entrenudos. El análisis de coexpresión y el análisis de expresión comparativa con conjuntos de genes regulados por etileno encontraron que estaba co-regulado con un conjunto de genes de degradación de proteínas relacionadas con la ubiquitina, sugiriendo una posible implicación de SbEIL7 en la degradación y procesamiento de proteínas durante las etapas post-anthesis. En conjunto, nuestros hallazgos sientan una base para futuros estudios funcionales sobre la regulación génica mediada por señales de etileno y la mejora del desarrollo de los entrenudos de sorgo.