Los estreses abióticos, como la sequía y el calor, restringen severamente el crecimiento y la productividad de los cultivos de Solanáceas, incluyendo la papa (L.) y el tomate (L.), sin embargo, los mecanismos regulatorios conservados que subyacen a su adaptación al estrés siguen siendo incompletamente comprendidos. Aquí, realizamos un meta-análisis integrativo de conjuntos de datos transcriptómicos disponibles públicamente, complementado por análisis comparativos y evolutivos a través del género. La anotación funcional reveló una reprogramación transcripcional coordinada caracterizada por la inducción de procesos protectores, incluyendo la actividad de chaperonas moleculares, respuestas al estrés oxidativo y señalización inmune, acompañada por la represión de vías fotosintéticas y metabólicas primarias, reflejando la reasignación de energía bajo condiciones de estrés. Los análisis de enriquecimiento de motivos de promotor y factores de transcripción implicaron a las familias bZIP, bHLH, DOF y BBR/BPC como reguladores centrales de los programas transcripcionales inducidos por sequía y calor. La inferencia de ortogrupos y el análisis a través de especies representativas demostraron una predominancia de selección purificadora, indicando la conservación evolutiva de la arquitectura de la red reguladora. La integración de la ocurrencia de motivos, perfiles de coexpresión y datos de interacción proteína-proteína permitió la reconstrucción de redes regulatorias e identificación de factores de transcripción centrales conservados que coordinan las respuestas al estrés. El análisis comparativo reveló firmas transcripcionales distintas pero conservadas para el calor y la sequía compartidas entre la papa y el tomate, indicativas de estrategias de estrés abiótico conservadas a través de las Solanáceas.