El Lipizzano es una famosa raza de caballos que data de 1580, cuando se estableció el criadero original de Lipica por el archiduque austriaco Carlos II. El criadero tenía la intención de suministrar a la corte de Graz caballos de monta y de tiro ligero. Hoy en día, varios criaderos estatales derivados del Imperio Austro-Húngaro, con objetivos de cría ligeramente diferenciados, están presentes en ocho países europeos. La población mundial de Lipizzanos es pequeña, los flujos genéticos son limitados y la raza está en riesgo de erosión genética. Actualmente, el Criadero Estatal Italiano de Caballos Lipizzanos (ASCAL) es un núcleo de conservación gestionado a través de estrictas reglas de apareamiento, donde se utilizan secuencias de ADN mitocondrial (ADNmt) para verificar la correcta asignación de yeguas a una línea materna de pedigrí histórica. Con el fin de preservar la variabilidad genética de la raza de caballos Lipizzanos, realizamos análisis de ADNmt centrados en mantener todas las líneas maternas de pedigrí (once) en el criadero, y una evaluación de la variabilidad en la región específica del cromosoma Y (MSY), que reveló un origen napolitano/oriental de los sementales Lipizzanos.