Los bactericidas, fungicidas y otros pesticidas juegan un papel importante en el manejo de enfermedades de las plantas. Sin embargo, su uso puede resultar en residuos en las plantas y en el medio ambiente, con consecuencias potencialmente perjudiciales. El uso de estreptomicina, oxitetraciclina, productos a base de cobre y algunos fungicidas está correlacionado con un aumento de la resistencia entre los patógenos de las plantas a estos agentes. Asimismo, el reciente aumento en la incidencia de resistencia a los fungicidas triazoles ambientales, la causa de la aspergilosis en humanos, ha generado preocupación, especialmente en Europa. A través de la transferencia horizontal de genes, los genes pueden intercambiarse entre una variedad de bacterias en el entorno de producción de plantas, incluidos fitopatógenos, bacterias del suelo y bacterias zoonóticas que ocasionalmente están presentes en ese entorno y en la cadena alimentaria. A través de mecanismos de transferencia horizontal de genes, co-resistencia, resistencia cruzada y regulación ascendente de genes, la resistencia a un compuesto puede conferir resistencia y resistencia a múltiples fármacos a otros compuestos similares, o incluso muy diferentes. Dado el aumento global de organismos resistentes a los antimicrobianos (AMR) y sus efectos en la salud de las plantas, animales y humanos, se requiere el uso prudente de pesticidas para mantener su eficacia en la seguridad alimentaria y la producción sostenible, y para minimizar la aparición y transmisión de organismos AMR a partir de fuentes hortícolas.