Hasta ahora, los enfoques de peptidómica de queso han sido criticados por su menor rendimiento. Específicamente, las gradientes analíticas que se utilizan más comúnmente para la detección espectrométrica de masas suelen ser de más de 60 o incluso 120 minutos. Desarrollamos un método de mapeo de péptidos de queso utilizando cromatografía nano ultra alta resolución de alto rendimiento adquisición de datos independiente de alta resolución espectrometría de masas (nanoUHPLC-DIA-HRMS) con un gradiente cromatográfico de 40 minutos. El gradiente de 40 minutos no mostró ningún signo de compromiso en la cobertura de proteínas de leche en comparación con los métodos de 60 y 120 minutos, lo que representa el siguiente paso hacia el logro de un análisis de mayor rendimiento. Los 150 péptidos más abundantes que cumplen con los criterios de selección en todas las muestras se cruzaron con trabajos de otras publicaciones y se encontró una buena correlación entre los resultados. Para lograr un tiempo de respuesta de muestra aún más rápido, se deben considerar métodos DIA mejorados para futuras aplicaciones de peptidómica.