Utilizando secuenciación de alto rendimiento de Illumina, examinamos cómo los perfiles de ARN pequeño (sRNA) varían en el álamo blanco chino a través de dos etapas de infección fundamentales por el hongo de óxido: la fase de crecimiento biotrófico (T02; 48 h después de la infección) y la fase de desarrollo y dispersión de urediniosporas (T03; 168 h), ambas esenciales para la colonización de la planta y el compromiso biotrófico prolongado. Lejos de las expectativas aleatorias, los clústeres de siRNA surgieron predominantemente de regiones de transposones, con los pseudogenes también contribuyendo significativamente, y las variaciones específicas de la etapa de infección estaban notablemente ligadas a estos siRNAs derivados de transposones. A medida que avanzaba la infección, los clústeres de siRNAs de 24 nt en regiones de transposones e intergénicas mostraron cambios de abundancia pronunciados. Un análisis de los objetivos indicó que los sRNAs potencialmente regulan el 95% de los genes, con los genes efectores del patógeno mostrando un mayor enfoque por parte de los sRNAs durante las fases biotrófica y de urediniosporas en comparación con los controles, lo que apunta a interacciones selectivas entre sRNA y objetivos. En contraste con los miRNAs conservados entre especies de plantas, los miRNAs específicos mostraron una tendencia notablemente mayor a dirigirse a genes. Estas observaciones destacan colectivamente los roles innovadores de los sRNAs en la defensa de las plantas, sus raíces evolutivas y su dinámica interacción con la coevolución de patógenos.