La biosfera profunda contiene una gran parte de las comunidades microbianas totales en la Tierra, pero se sabe poco sobre las fuentes de carbono que sustentan la vida profunda. En este estudio, utilizamos la Probing de Isótopos Estables (SIP) y la secuenciación de amplicones de alto rendimiento para identificar las comunidades microbianas que asimilan acetato a 2260 m de profundidad en la roca madre de Outokumpu, Finlandia. Se evaluaron los efectos a largo y corto plazo del acetato en las comunidades microbianas mediante SIP dirigido a ADN y activación celular dirigida a ARN. Las comunidades microbianas reaccionaron en cuestión de horas al acetato añadido. Se identificaron taxones arqueales que representan la biosfera rara a 2260 m de profundidad y se vincularon al ciclo del acetato, mostrando un impacto en las funciones y actividad de las comunidades microbianas en general a través de pequeños compuestos de carbono clave. Las principales líneas arqueales identificadas que asimilan acetato y metabolitos derivados del acetato etiquetado fueron spp., spp., spp., y no clasificados. Estos arqueas se han detectado previamente en el subsuelo profundo de Outokumpu como grupos menores. Sin embargo, su participación en la asimilación de acetato y la secreción de metabolitos derivados del acetato indica un papel importante en el apoyo de toda la comunidad en el subsuelo profundo, donde las fuentes de carbono son limitadas.