La extracción de ADN eficiente y consistente es crucial para la genotipificación, pero a menudo se ve obstaculizada por las limitaciones de los procesos manuales tradicionales, que son intensivos en mano de obra, propensos a errores y costosos. Presentamos una extracción de ADN asistida por robot y semiautomática (RoboCTAB) adaptada para la genotipificación de plantas a gran escala, aprovechando sistemas robóticos de manejo de líquidos avanzados pero asequibles. El protocolo/flujo de trabajo integra un protocolo de extracción CTAB específicamente adaptado para un sistema robótico de manejo de líquidos, haciéndolo compatible con técnicas de genotipificación de alto rendimiento como la genotipificación de SNP y la secuenciación. Se exploraron varias partes de plantas (hojas, raíces, chips de semillas manuales) como material fuente para las extracciones de ADN, con el objetivo de identificar el tejido más adecuado para la recolección a gran escala. Las raíces jóvenes (radícula) resultaron ser las más fáciles de cosechar a gran escala, mientras que la cosecha de hojas y chips de semillas fue más laboriosa y propensa a errores. El rendimiento y la calidad del ADN de las hojas y raíces (pero no de los chips de semillas) fueron similares y suficientes para el análisis posterior. Curiosamente, el tejido de raíz aún se podía extraer de semillas imbibidas, incluso si las semillas no lograban germinar, lo que demuestra ser útil para la extracción de ADN. El análisis de costos indica ahorros significativos en costos laborales, destacando la idoneidad del enfoque para proyectos a gran escala. Las evaluaciones de calidad demuestran que el proceso robótico produce ADN de alta calidad, manteniendo la integridad para aplicaciones posteriores. Este sistema de extracción de ADN semiautomático representa una solución escalable y confiable para la genotipificación a gran escala que es accesible para muchos usuarios que no pueden implementar sistemas altamente sofisticados y costosos como los que se conocen en grandes empresas multinacionales de semillas. RoboCTAB, un método de bajo costo y optimizado para la extracción de ADN de alto rendimiento, minimiza el riesgo de contaminación cruzada. RoboCTAB es capaz de procesar hasta cuatro placas de 96 pocillos (384 muestras) simultáneamente en una sola ejecución, mejorando la eficiencia de costos y proporcionando una integración fluida con los flujos de trabajo de laboratorio, potencialmente estableciendo nuevos estándares de eficiencia y calidad en el procesamiento y secuenciación de ADN a gran escala.