El tomate, uno de los cultivos más importantes a nivel mundial, tiene una alta demanda en el mercado de frutas frescas y en las industrias de alimentos procesados. A pesar de tener una productividad considerablemente alta, lograr un suministro continuo según la demanda del mercado es difícil, principalmente debido a las pérdidas periódicas que ocurren por estrés biótico y abiótico. Aunque el tomate es un cultivo de clima templado, se cultiva en casi todas las zonas climáticas debido a la demanda generalizada, lo que hace que sea un desafío adaptarse a diversas condiciones. El desarrollo de cultivares de tomate con una mayor tolerancia al estrés abiótico es uno de los enfoques más sostenibles para su producción exitosa. En este sentido, se están realizando esfuerzos para comprender el mecanismo de tolerancia al estrés, el descubrimiento de genes y la interacción de factores genéticos y ambientales. Ya se han desarrollado varios enfoques, herramientas y recursos ómicos para el cultivo de tomate. Las tecnologías de secuenciación modernas han acelerado enormemente los estudios de genómica y transcriptómica en el tomate. Estos avances facilitan el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL), estudios de asociación a nivel genómico (GWAS) y selección genómica (GS). Sin embargo, se han realizado esfuerzos limitados en otras ramas ómicas como la proteómica, metabolómica e ionómica. La catalogación extensa de recursos ómicos realizada aquí ha destacado la necesidad de integrar enfoques ómicos para una utilización eficiente de los recursos y una mejor comprensión del mecanismo molecular. La información proporcionada aquí será útil para entender las respuestas de las plantas y las redes regulatorias genéticas involucradas en la tolerancia al estrés abiótico y la utilización eficiente de recursos ómicos para la mejora del cultivo de tomate.