El rizosheath desempeña un papel crítico pero poco comprendido en las interacciones planta-microbio. Sin embargo, aún no está claro cómo la selección del hospedador frente al aislamiento geográfico contribuye a la formación de comunidades microbianas dentro del rizosheath. Este estudio caracterizó las comunidades bacterianas y fúngicas en el rizosheath y el suelo circundante utilizando secuenciación de alto rendimiento de 16S rRNA e ITS. Los resultados mostraron que la comunidad bacteriana estaba fuertemente influenciada por la selección del hospedador dentro del rizosheath, basado en una diversidad alfa significativamente reducida y una beta-diversidad distinta (pruebas de permutación, < 0.001) en comparación con el suelo de fondo. Además, la estructura de la comunidad bacteriana central fue muy similar entre los dos sitios geográficamente separados (PERMANOVA, = 0.089). En contraste, la comunidad fúngica exhibió una especificidad de hábitat más débil pero mostró una divergencia geográfica significativa, aunque débil (beta-diversidad, pruebas de permutación, = 0.028). El poder explicativo de la distancia geográfica para la variación de la comunidad fúngica fue bajo (R = 0.095) y menor que el del microhábitat del rizosheath (R = 0.142). En conclusión, el rizosheath impone un fuerte efecto de filtrado sobre las comunidades bacterianas. La menor especificidad de hábitat y la señal geográfica más fuerte observadas para los hongos sugieren una posible regulación por limitaciones de dispersión local o procesos de colonización histórica. Este estudio proporciona información sobre los mecanismos de ensamblaje de la comunidad microbiana del rizosfera de las plantas.